Système perturbé

Une bonne technique d'investigation des phénomènes mis en jeu sera de remplacer un certain nombre d'atomes par d'autres et de regarder ce qui se passe. Dans notre programme informatique rien ne nous empêche de forcer notre système à coller un atome qui ne satisfait pas le critère énergétique de l'équation 3.11 de croissance que nous avons défini. Physiquement nous pourrons par exemple supposer que notre système, pendant un certain temps, n'est pas à température nulle. Par conséquent, les mêmes atomes arrivant sur la chaîne fournissent une énergie différente au système. Nous avons donc une probabilité non nulle de créer un morceau de chaîne quelconque lors de l'ajout d'une température à un certain instant de la croissance. Ainsi, notre simulation du système perturbé n'est pas dépourvue de sens physique.
Afin de forcer le programme à coller l'atome souhaité, nous fixons une valeur arbitraire du critère énergétique pour le calcul de l'équation 3.11. Cette valeur doit être positive si nous voulons coller un atome B, et négative si nous voulons fixer un atome A. Ainsi, en fixant la valeur de ce critère à différents moments de la croissance de la chaîne, nous pouvons voir les phénomènes importants pour la croissance en fonction de la nouvelle organisation que prend le système.