Analyse des résultats

Pour faciliter l'analyse des données, nous avons choisi de garder ceux-ci sous la forme de fichiers ASCII. Cette voie est en effet la plus simple à mettre en oeuvre, étant donné qu'il suffit de modifier le code source du moteur de simulation pour stocker les données qu'il nous semble pertinent de regarder. Les fichiers de sortie de toutes les simulations étant stockés dans leur répertoire propre, nous pouvons suivre une variable tout au long des impacts successifs. Nous pouvons, dans le cas le plus simple, suivre le nombre d'atomes d'hydrogène que contient l'agrégat tout au long de la trajectoire par exemple. Pour ce faire nous imprimons le nombre total d'atomes de silicium et d'hydrogène de la simulation dans un fichier nommé natom.dat. Nous ferons de même par la suite, pour travailler sur n'importe quelle donnée. Pour travailler en une seule fois dans tous les répertoires des simulations les uns après les autres, nous écrivons les commandes à effectuer dans tous les répertoires dans un script nommé commande.sh. en plaçant ce script à la base des répertoires numérotés de simulation. Nous pouvons lancer la commande en nous plaçant dans un des répertoires qui contient les fichiers de résultats avec la commande :

../commande.sh

Nous pouvons donc écrire une boucle pour exécuter cette commande dans tous les répertoires presents.

i=1
while (($i<$n))
do
cd $i
../commandes.sh
cd ..
(($i=$i+1))
done

Cette façon de procéder est très commode, elle permet par exemple, de suivre une variable tout au long des trajectoires en récupérant celle-ci, avec une utilisation combinée des commandes "grep" et "awk", et en redirigeant le flux vers un fichier commun. Nous pouvons, de cette façon, suivre le contenu en hydrogène en utilisant le fichier de commande contenant:

cat natom.dat | awk '{print $3}' >> ../n-H-tot.dat

Ainsi, un fichier n-H-tot.dat contiendra un vecteur du contenu en hydrogène de l'agrégat. Nous pouvons procéder de la même façon pour effectuer toutes tâches que nous voulons soumettre dans tous les répertoires. Ainsi, nous avons écrit un ensemble de fichiers de commande pour toutes les tâches décrites dans cet ouvrage. Nous avons donc une commande pour la visualisation des trajectoires avec l'outil open-sources gopenmol, pour les tracés de toutes les données avec l'outil xmgrace, etc. ... Cet ensemble de commandes permet de faire et de refaire les analyses sur des répertoires de simulation de plusieurs Go. Nous avons aussi écrit des commandes pour lancer des tâches comme le calcul de la fonction distribution radiale qui étaient initialement un programme Fortran que nous exécutons dans tous les répertoires. Ainsi, nous pouvons de la même façon concaténer les résultats et donc avoir un rendu tridimensionnel des variations de cette fonction par des appels à un logiciel permettant de tracer des graphiques tridimensionnels comme matlab par exemple.

quentin 2007-09-05