Présentation du code général

Dans la suite de cette présentation du code, nous supposerons toujours que les références des chemins, où sont lancés les scripts, est le répertoire d'installation ainsi que les objets sont bien placés dans l'environnement de simulation. L'environnement de simulation développé ici est construit autour de l'arborescence suivante:

|-- bin
|-- execution
|-- motor-simulation
|   `-- venus-mopac
`-- template
    |-- H_colision
    `-- cross-section

Le programme contient quatre répertoires. Le répertoire "./bin" contient les scripts et programmes qui vont lancer des tâches (lancement d'une simulation, récupération des résultats, arrêt d'une simulation, calcul de température, visualisation de trajectoires ou tracé d'une courbe, ...). Le répertoire d'exécution, comme son nom l'indique, est le répertoire où les simulations vont être lancées. Dans "./motor-simulation" nous stockons les moteurs de simulation que nous souhaitons utiliser pour faire nos calculs, comme une simulation de trajectoires avec l'algorithme de Gear, etc ... . Enfin, le répertoire template qui contient les fichiers nécessaires au lancement d'une simulation avec l'un des moteurs du répertoire "./motor-simulation". De cette façon, nous pouvons faire varier un ou plusieurs paramètres que nous voulons étudier. En modifiant un fichier du répertoire par incrémentation, une variable d'un des fichiers du répertoire "./template", nous pouvons effectuer une expérience numérique sur n'importe quelle variable. Des scripts du répertoire /bin vont lancer des simulations dans le répertoire approprié inclus dans le répertoire "./simulation". Ces simulations seront lancées avec les exécutables des moteurs de simulations contenus dans "./motor-simulation" sur les fichiers de descriptifs de la simulation, ou fichier d'entrée modifié à partir de "./template".